Selaku pengerusi SPR yang pertama , beliau banyak membuat garis panduan bagi menghalang berlakunya keganasan semasa pilihan raya.[4]

Selepas pilihan raya 1964, pada 2 Mei 1964 , Mustapha Albakri berpuashati dengan perjalanan pilihan raya. Ketika itu kertas undi untuk pengundi kawasan Batak Rabit telah disalah hantar ke Pasir Bedamar, Teluk Intan. Parlimen Menglembu berlaku sedikit kesalahan tetapi dapat dibaiki. Setiap buku undi mengandungi 100 keping kertas undi. Sedangkan hanya 552 buku undi di hantar ke sana. Calon S.P. Seenivasagam (PPP) sepatutnya menang di Menglembu.Sedangkan Lim Eng Chang dari Perikatan berubah jumlah undi 11,246 undi kepada 16,000 undi.Oleh DR Seenivasagam mahu Yang di-Pertuan Agong mengadakan semula pilihan raya di Menglembu. Kecelaruan juga berlaku di kawasan DUN Ayer Tawar dan DUN Beruas. [5][6]

Pada 11 April 1964, calon PAP di Seremban Timor,Dr Lau Kit Sun dan tiga lagi penyokong telah ditahan polis pada 7 April 1964. Mereka menghantar surat terbuka kepada SPR agar mengambil tindakan terhadap pamplet yang tersebar. [7]

Pada 1965, dua calon PAS Mohamed Saufi Idris dan Nik Abdullah Arshad telah ditahan di bawah ISA. Turut ditahan ialah pengerusi Barisan Sosialis cawangan Majlis Perbandaran Melaka, Hasnul Abdul Hadi.[8]